Estoy de acuerdo con el cambio, sin embargo es un cambio muy trascendental. Han habido cambios del tipo "bracking changes" en la version 3.x, con la cual se tenia que cambiar la estructura de los modulos para mantener la compatibilidad
Por esto, necesitaras cambiar el codigo de tus modulos para que estos funcionen. Lo primero que necesitas saber es como estas ingresando ahora a tu bases de datos y de que clases estas eredando para tus objetos de modulo y de datos.
Lo mejor que puedes hacer es fijarte en uno de los modulos actuales (text/html o links) y ver las variaciones en el codigo. Luego puedes poner aqui tus dudas.